सम्पूर्ण विश्व में वीर-प्रसविनी धरा के रूप में प्रसिद्ध तथा अनगिनत ओजस्वी सपूतों के देदीप्यमान इतिहास से पल्लवित राजपूताना की धरती पर लोक मान्यता के अनुसार सम्वत् 1601 में कल्लाजी राठौड़ का जन्म मारवाड़ के सामियाना जागीर के राव श्री अचलाजी के यहाँ हुआ था। महान् साधक, क्षत्रियों के सिरमौर एवं भारतीय परम्परा के महादूत श्री कल्लाजी सम्पूर्ण राष्ट्र को सन्देश हैं कि- “वेद सम्पूर्ण विश्व कल्याण का श्रेष्ठतम साधन है। वेदों से बढ़कर सुख शान्ति एवं समृद्धि प्राप्त करने का कोई और माध्यम नहीं हो सकता है।” सम्पूर्ण सृष्टि के कल्याण का बीज वेदों में है तथा उस वेदपथ का अनुसरण करने से ही मानवता सुखी रह सकती है। इस अभिप्राय से उन्होंने जन-मानस को प्रेरणा दी है कि एक वैदिक विश्वविद्यालय की स्थापना करके, राष्ट्र में एक नई आध्यात्मिक तथा सांस्कृतिक चेतना का सूत्रपात किया जाए। 

इस दिव्य स्वप्न का साकार करने के लिए श्री शेषावतार 1008 श्री कल्लाजी वेदपीठ एवं शोध संस्थान, निम्बाहेड़ा द्वारा विश्वविद्यालय की स्थापना का संकल्प लिया गया। इसी निमित सन् 2018 के राजस्थान विधानसभा के अधिनियम क्रमांक 11 के द्वारा श्री कल्लाजी वैदिक विश्वविद्यालय स्थापना अधिनियम स्वीकृत किया गया । 

यह विश्वविद्यालय वैदिक ज्ञान परंपरा को प्रचारित-प्रसारित करने हेतु निजी क्षेत्र का अभिनव प्रयास है । शैक्षणिक रूप से पिछड़े क्षेत्र में आधुनिक शिक्षा के साथ-साथ वैदिक ज्ञान परम्परा को विकसित करने के उद्देश्य से स्थापित किया गया। यह विश्वविद्यालय वैदिक शिक्षा को ध्यान में रखते हुए छात्रों के बौद्धिक ज्ञान के साथ साथ सुसंस्कारित करने में निरंतर प्रयासरत है तथा वैदिक परम्परागत छात्रों एवं शोधकर्ताओं के लिए एक ज्ञान संसाधन केंद्र के रूप में कार्यरत है ।